Na přelomu osmdesátých a devadesátých let stál opět podnik před otázkou, jak řešit prudce se zhoršující stav tentokráte městské trati. Vzhledem k tehdejším možnostem monopolního výrobce vozů a k sjednocení rozchodu všech tramvajových provozů v republice bylo rozhodnuto o přestavbě městské trati na rozchod 1435 mm, v první fázi formou splítky rozchodů 1000/1435 mm. Toto řešení zvolila i Bratislava, kde však bylo později od tohoto systému upuštěno. V Liberci bylo započato s přestavbou v srpnu 1990 od smyčky v Lidových sadech po ulici Šamánkovu, kde byl po dobu rekonstrukce používán provizorní kolejový trojúhelník pro obracení vozů. Provoz byl na obnoveném úseku zahájen 12. října 1992. Další úsek se začal rekonstruovat hned v následujícím roce, přestavba celého úseku k nové smyčce u Viaduktu byla dokončena v roce 1995, provoz byl zahájen 15. listopadu. Zde je nyní ukončen rozchod 1000 mm, resp.tříkolejnicová splítka. V úseku Viadukt - Kubelíkova byla nejprve vystavěna provizorní trať po levé straně ulice a poté provedena výstavba pravé koleje o normálním rozchodu. V Kubelíkově ulici byl vystavěn opět vratný trojúhelník.

Provoz na normálním rozchodu v Liberci byl oficiálně zahájen za účasti ministra dopravy dne 28.8.1998 současně s nově vystavěnými normálněrozchodnými halami vozovny (haly 6, 7, 8). Na lince č.1 k Viaduktu však byly normálněrozchodné vozy nasazovány již od 14.8.1998. V úseku Viadukt – Kubelíkova byl zpočátku pouze jednokolejný provoz. Přestavba trati pokračovala dále, dne 29. 11. 1998 byl zahájen dvojkolejný provoz po stanici Vápenka a 13. 7. 1999 pak na celém úseku do Kubelíkovy ulice. V roce 2000 byla zahájena přestavba dalšího úseku po smyčku Dolní Hanychov, která byla provedena odlišnou technologií než dosavadní úseky. Doposud používaný systém velkoplošných panelů BKV s blokovou kolejnicí se ukázal nepříliš vhodným, v dalších úsecích je proto použita technologie betonové desky s odhlučněnou klasickou žlábkovou kolejnicí a asfaltovou zálivkou. Rekonstruovaný úsek do Dolního Hanychova byl uveden do provozu 8.7.2001. Pokračování rekonstrukce pozdržel nedostatek financí, kvůli němuž byly práce na rok přerušeny. K dokončení celé trati tedy došlo až v polovině roku 2005 – pravidelný provoz do Horního Hanychova tak byl obnoven k 1.8.2005. Trať je v celé délce dvojkolejná a vedená v ose komunikace. Možnost prodloužení trati až k dolní stanici lanové dráhy na Ještěd je nadále předmětem studií.

Pro zabezpečení odpovídající údržby vozidlového parku bylo též třeba dokončit celkovou přestavbu vozovny tramvají - k tomu došlo r.2003. Dílčí rekonstrukce, které umožní zkvalitnění údržby autobusů, probíhají rovněž v autobusových garážích.

Budoucnost MHD v Liberci

Prioritou města Liberec je zavedení tramvajové dopravy do sídliště Rochlice II. (sídliště „Dobiášova“). Tuto trať je možné vybudovat a provozovat až po dokončení zdvoukolejnění části jablonecké tratě ve směru do centra Liberce.

V souvislosti se zdvoukolejněním tramvajové tratě (dále TT) od dopravního terminálu MHD ve Fügnerově ulici do Vratislavic nad Nisou, jak je zakotveno v územním plánu města Liberec, se v současnosti zpracovává dokumentace trasování tratě přes ulici Mlýnská, s průchodem prostoru soukromých aktivit obchodně zábavního centra PROMENADA (areál bývalé Textilany) – jako přeložka tratě, dále napojení na již zrekonstruovaný úsek u zastávky „U Lomu“ a za výhybnou „Nová Ruda“ bude tramvajová trať pokračovat dvoukolejně kolem domova důchodců až k zastávce „lékárna“. Z hlediska zachování výhod samostatného drážního tělesa a dopravní bezpečnosti odtud povede trať jednokolejně v současné ose, na samostatném drážním tělese ; k tomu se zpracovává dokumentace pro zlepšení prostorových parametrů TT i přilehlého chodníku pro pěší, vedené zastavěnou oblastí městského obvodu Vratislavice nad Nisou, kde se touto rekonstrukcí zároveň zlepší dopravní i stavebně estetický charakter části města Liberec.

Ve spolupráci se Statutárním městem Liberec se taktéž připravuje dokumentace na trasování novostavby TT na sídliště Rochlice II.

Navrženy byly dvě varianty možného vedení tratě. První vychází z městské tramvajové trati a trasa je vedena z „Rybníčku“ kolem Krajského úřadu, přemostěním Nisy a podchodem komunikace na levou část třídy Dr.M.Horákové do zastávky „Košická“ a dále v trase dnešních autobusových linek č.12, 14 a 23 , v zastávce „Dobiášova“ převedení z osy komunikace do samostatného dopravního pásu vpravo až do prostoru konečné „Zelené údolí“. Odtud je další studií na sídliště Doubí navázána trasa u kruhové křižovatky v Zeleném údolí přemostěním komunikace, dráhy a řeky Nisa do ulice Česká a opět v trase současných linek č. 13, 24 a 26 až k dnešní autobusové točce při ulici Mařanova, tramvajová trať by však byla dovedena až do prostoru k nákupnímu centru Makro.

Druhá – městem preferovaná varianta vychází ze zastávky „U Lomu“ na meziměstské tramvajové trati a je vedena podél východního okraje sídliště Broumovská, kde bude nutná i přeložka silniční komunikace, mezi nově vznikající zástavbou „pod rušičkou“ a Horní Kopečnou, s odbočením tratě ke stávající nejfrekventovanější zastávce „Dobiášova“. Tato nová trať se dokumentačně připravuje v rychlodrážním charakteru (samostatné dvoukolejné drážní těleso, upřednostnění před IAD). Podmínkou je však navázání na zrekonstruovanou dvoukolejnou trať tak, aby bylo možné bezkolizní dopravní propojení do centra Liberce v obou směrech.

Přestavba meziměstské trati spojená se změnou z úzkého rozchodu 1.000 mm na normální rozchod 1.435 mm je plánována zatím jen v úseku Fügnerova – Vratislavice výhybna.

Pro pokračování směrem na Jablonec n.N. se zabývá projekt řízený Krajským úřadem Libereckého kraje „Regiotram NISA“ (podle modelu praktikovaného například v německých městech Karlsruhe nebo Saarbrücken - tramvaj využívá k přesunu mezi sousedními městy železniční trať) – další podrobnosti k tomuto tématu lze nalézt v sekci REGIOTRAM.

S novým pohledem města Jablonec nad Nisou na zachování meziměstské tramvajové tratě a její prodloužení do centra města Jablonec n.N. se však jeví logičtější a finančně méně náročná rekonstrukce této jednokolejné tramvajové tratě, v úseku Vratislavice nad Nisou výhybna – Jablonec nad Nisou, s přípravou na změnu rozchodu z úzkého na normální (jak byly např. v roce 2006 zrekonstruovány dva dílčí úseky ve Vratislavicích za výhybnou a v Proseči n.N. před zastávkou „Nový svět“).

Stavba dlouho plánované tratě do Ruprechtic nebyla zavržena, její realizace však vzhledem ke stávajícím přepravním proudům není prioritní.

Nákup nových tramvají není v momentální situaci na trhu a vzhledem k investiční náročnosti aktuální. Provozní zkušenosti ukazují, že především v oblasti pojezdu je výhodné provedení s otočnými podvozky, které zajišťuje lepší vedení vozidla v obloucích kolejí tramvajových tratí. Vzhledem k charakteru provozu v Liberci by nové vozidlo mělo mít takové parametry, aby bylo schopné nahradit buď sólo vůz T3 a nebo soupravu 2xT3. Do doby, než se vyjasní situace na trhu, jsou proto naplánovány další rekonstrukce a modernizace tramvají T3 (a T2), které umožní s použitím stávajícího vozového parku zlepšit kulturu cestování, snížit spotřebu trakční energie a také zmenšit nároky vozů na údržbu. Taktéž provozní praxe ukázala výhodnost nasazení jednoho sólo vozu ve večerních hodinách a spřažených vozů přes den, a to nejen z důvodů provozně ekonomických, ale i bezpečnostních.

Autobusový park byl v posledních letech obnoven 30-ti vozy Karosa-Renault CityBus (2000 – 2002), devíti SOR BN12 (2004) a dvěma kloubovými vozy Karosa B 961 (2004). V dalších letech (2006 – 2008) dopravní podnik nakupuje 18 nízkopodlažních čtyřdvéřových vozidel SOR BN 12, s ekologickými dieselovými motory EURO III a IV.